Porque de seguro que alguna vez te tocará un cliente imposible de convencer de las bondades de git o bzr, de que te entregue un acceso SSH o cualquier forma medianamente moderna de poder subir tu sitio a su servidor, nunca está de más saber algunas técnicas de la antigüedad.
Si intentas subir un montón de archivos por FTP, la opción más básica es con el comando mput *, que no sólo no opera de forma recursiva (!) sino que además, de modo predeterminado, te solicita confirmar la subida de cada archivo (!!)
Por suerte, hay una herramienta un poco más inteligente de hacerlo, con un cliente de FTP llamado ncftp, que está en los repositorios de Ubuntu con ese mismo nombre y está disponible también para otros linuxes (obviamente), OSX y Windows.
La conexión al servidor es un poco distinta a la forma de hacerlo con FTP; debes indicar lo siguiente: ncftp -u <usuario> -p <password> ftp.servidor.com
Una vez conectado al servidor, puedes subir todos los archivos, recursivamente y sin confirmación con mput -r *