Cuando estás clonando un repositorio de git, sólo tienes la posibilidad de hacerlo creando un nuevo directorio o bien hacerlo en un directorio vacía; sin embargo, en maś de una ocasión es posible que debas re-utilizar un directorio ya existente en el servidor pero que no puedes renombrar, sino solamente cambiar sus contenidos.

Una solución un poco artesanal, pero que funciona, es la siguiente:

https://gist.github.com/felipelavinz/8804767

… Y cuando estés absolutamente seguro de que no necesitarás ningún archivo de las copias de respaldo puedes borrarlas y listo.